Amb el Comte Guifré el Pilós comença la història del comtat independent de Besalú.

Els musulmans arribaren fins els Pirineus, i el Comte Guifré el Pilós, sense l'ajuda dels reis francs,va conquerir totes les terres que havien estat de la casa de Barcelona, entre elles les del futur comtat de Besalú. Guifré va posar al seu germà Radulf I al front del comtat de Besalú l'any 894.

Va tenir cinc fills i quatre filles, va morir al 902 i deixà en herència al seu tercer fill Sunyer el comtat de Besalú.

Sunyer era fill de Guifré i Winidilda. Va governar el comtat de Besalú durant dotze anys, fins al 914 , quan va morir el seu germà Guifré II Borrell . Llavors ell va heretar els comtats de Barcelona Osona i Girona i va cedir el comtat de Besalú al seu germà Miró el Jove, comte de Cerdanya. Va morir l'any 954 al monestir de La Grassa, on s'havia retirat. Fou enterrat al Monestir de Santa Maria de Ripoll.

Miró I era el quart fill de Guifré el Pilós. Es va casar amb Ava i va tenir quatre fills. D'ells Guifré III va heretar el comtat de Besalú i Seniofred va heretar la Cerdanya. Els altres dos fills foren Miró i Oliba que va substituir a Seniofred a la seva mort.

Quan va heretar el comtat de Besalú, Guifré II era menor d'edat , i estava sota la tutela del seu oncle Sunyer. Va fundar el monestir de Camprodon ( 948) i va morir assassinat per dos germans presbiters : Wigila i Tramado, còmplices d'Adalbert, senyor de Parets.

Adalbert no volia ser reconegut com a feudatari del comte i Guifré va sortir en campanya contra ell. Aquesta no va anar bé i es va haver de refugiar al castell de Besalú, que fou sitiat per Adalbert. El comte no va resistir el setge i va voler fugir. Adalbert el va perseguir i el matà obrint-li el cap , era l'any 957.El seu cos fou portat a Ripoll on descansa amb el seu pare i el seu avi. L'Abat Oliba, nebot seu, li va dedicar l'escrit lapidari.

Assabentats dels fets els germans de Guifré Seniofred, comte de Cerdanya, i Miró vénen ràpid a venjar la seva mort. Adalbert i els seus s'han de refugiar al castell de Parets, on són assetjats i d'on no poden fugir. Adalbert es suïcidà i tots els seus bens passen a Seniofred.

L'any 958 es va fer la donació testamentària de Guifré. A la seva mare Ava li va cedir , amb la finalitat de "Servors dei Levita " les viles de Calvos, Balbos i Pinya , aquestes dues darreres de la Vall de Bas.

Miró II, germà de Seniofred, va heretar Besalú a la mort d'aquest. Es va dedicar a la carrera eclesiàstica, fou levita a l'església de Girona i bisbe electe l'any 970.

L'any 979 Borrell de Barcelona amb el seu exercit fa una incursió al comtat de Besalú i construeix un castell contra Miró, a la muntanya anomenada Spelio, a l'alou de Sant Esteve. Miró no va veure possible contrarestar per la força el comte de Barcelona,i aquest tot i tenir certs drets sobre el comtat de Besalú no els va exercir. Devien arribar a un acord , però no consta en els documents.

L'any 968 , quan ja era comte de Besalú, va heretar el domini de Parets i el va dedicar a sufragi de la seva ànima i de la del seu germà Guifré, de qui havia venjat la mort. Sentia molt afecte per Santa Maria de Ripoll, i li va fer grans donacions.Així com a l'església en general : El Torn, Sadernes, Batet,...La seva devoció el va portar a fundar el Monestir de Sant Pere extramurs de Besalú, com monestir catedral de tota la zona, que va posar sota la protecció del Papa , i així cap rei ni compte hi tenia jurisdicció, l'Abat tenia el ple poder.També va fundar, per rogatori de la seva cunyada Emmergarda, l'ordre de canònics seglars de Sant Agustí, a qui va donar Sant Vicenç que més tard esdevindrà la col·legiata de Santa Maria. Va morir el 984 i va ser enterrat a Ripoll.

Oliba" cabreta" , fill de Miró i Ava, marit d'Ermergarda. Heretà Cerdanya a la mort de Seniofred, i heretà Besalú al morir Miró. Reuneix tots els comtats de la família sota el seu domini, inclosos Fenolleda,Conflent, Vallespir i Pera pertusa. Els historiadors no es posen d'acord en l'origen del seu sobrenom, hi ha qui diu que no podia començar a parlar sense gratar el terra com una cabra i qui diu que és pel castell de cabreta que va fundar.Va tenir quatre fills i dues filles. Guifré, comte de Cerdanya fundador de Sant Martí del Canigó, Bernat que va heretar Besalú, Vallespir i Fenolleda. Oliba que va ser abat de Ripoll, Cuixà i Canigó,gran savi, enterrat el 1046 a Sant Martí de Cuixà.Berenguer que va heretar el bisbat d'Elna. Adalez i Ingiberga que va anar a Sant Joan de les Abadesses d'on fou la darrera de les abadessa per l'extinció del monestir per la butlla" Superéssim acuitem".

Bernat I, Tallaferro, el va succeir.

Guillem I " El gros " fou el fill gran de Bernat Tallaferro. Durant aquesta època l'església passa per un moment fosc, el poble envaeix les propietats eclesiàstiques i els monjos es dediquen al plaer de la carn.

Quan Guifré , bisbe de Narbona, s'autocorona Papa i convoca a Taulouges el concili " Pau del Cel" conegut històricament com " Treva de Déu " hi assisteixen Guillem , Ponç Hug d'Empúries, Guifré de Rosselló i Ramon de Cerdanya. Es prenen uns acords que no duren massa, ja que el 17 de juny del mateix any el Bisbe de Vic, per absència del d'Elna reuneix una altra assemblea a Toulouges i modifica els primers acords.

Va ser enterrat a Ripoll tot i que volia ser enterrat a Sant Miquel de Cuixà.Deixà com a successor els seus dos fills : Guillem i Bernat II.

Aquests van corregnar el comtat de Besalú. L'any 1054 Guillem fa un conveni amb Ramon Berenguer de Barcelona, anomenat " el vell ", li jura fidelitat i li lliura bens. Manté lligams molt estrets amb la Casa de Barcelona i es compromet a casar-se amb Llúcia, cunyada del Comte de Barcelona. En realitat no compleix els acords ni els convenis, ni retorna els castells de Finestres i Colltort, ni es casa amb Llúcia, que al final es casa amb el Comte Pallars. Però els comtes de Barcelona obliden les ofenses i li concerten la pau i una aliança el 1057.

Després de què amb la mort de Tallaferro s'acabés el Bisbat de Besalú, els seus comtes van mantenir les esglésies del comtat independents del Bisbat de Girona i del de Vic, fins que el 4 de setembre de 1055 Guifré fa consagrar per Berenguer, Bisbe de Girona, l'església del castell de Besalú,li lliura els seus alous de Bàscara i signen la pau.

Guillem II va ser anomenat el Tro " trunus", no se sap si pel seu mal caràcter o pel seu nas postís, va ser odiat pels seus vassalls pel seu caràcter inestable i, possiblement, assassinant pels mateixos, potser amb el consentiment del seu germà Bernat.Es va casar amb Estefania amb la que va tenir un fill anomenat Bernat, que després del seu oncle seria el darrer comte de Besalú independent.

Bernat II va ser comte de Besalú del 1066 al 1097, prudent i de dolç caràcter, va ser molt estimat pels seus vassalls. La seva religiositat li va fer procurar que a tots els seus monestirs tornés l'austeritat i la rigidesa de les seves fundacions. L'any 1.070 separa a Miró de l'Abadia de Ripoll, que s'havia apropiat mitjançant compravenda ( simonia ), fet pel qual el Papa ja l'havia excomunicat. Per acabar amb els abusos que s'havien produït als diferents monestirs, va subjectar el monestir de Ripoll a Sant Víctor de Marsella, més tard hi subjectà els de Sant Pere de Besalú i de Sant Joan de les Abadesses.

El Papa Gregori VII va enviar a Amat ,bisbe d'Oleron, contra la simonia que s'havia creat, i aquest convoca Concili a Girona el 1.068. Guifré , arquebisbe de Narbona es va declarar en contra de les reformes que propugnava Amat, i mogué tal enrenou que aquest va haver de fugir de Girona i es va refugiar a Besalú on Bernat el promet protegir a ell i als Bisbes de Carcassone, Agda i Elna, i diversos abats que anaven amb ells. El concili va continuar a Besalú i es varen prendre una sèrie d'acords, però la majoria dels comtes de Catalunya es van declarar a favor de l'arquebisbe de Narbona i això no va afavorir gens el nostre comtat, tot i que Bernat II va ser armat cavaller de l'Església per Amat.

El seu cel religiós el va portar a fer nombroses reedificacions d'esglésies, com la de Santa Maria de Besalú i el Monestir de Banyoles, que fou seu d'un altre concili d'on es varen presentar càrrecs contra el comte Bernat per fer tasques que pertanyien als Bisbes i no als seglars ( es referien a les reedificacions ). Això va motivar al mateix a posar el Monestir de Sant Joan en mans del Bisbe de Vic.

Bernat II va assistir a la consagració de la basílica de Castelló d'Empúries, quan encara no era comte. Va fer moltes donacions a Santa Maria de Besalú. Es va casar amb Emergarda, de qui no va tenir fills. Va morir al 1.097 i fou enterrat a Ripoll.

Bernat III, fill de Guillem II i d'Estefania va succeir al seu oncle en el comtat de Besalú, del govern del qual formava part de s de la seva majoria d'edat. Fou molt amic del comte Guillem de Cerdanya que li va deixar la tutela dels seus fills. L'any 1.107 es va casar amb Maria, que només tenia dotze anys i era filla de Ramon Berenguer de Barcelona i de Maria Ruderic, filla de El Cid. Va tenir com a dot, encara que no tinguessin fills, el Comtat d'Ausona amb tots els seus drets i jurisdiccions.

Pocs dies després del casament els dos comtes es varen fer donació recíproca dels comtats. Per una banda Ramon Berenguer cedia Girona, Manresa, Barcelona, castells, bisbats i abadies més Balaguer i la seva comarca. En cas de tenir fills legítims Bernat governaria i seria el tutor del príncep hereu fins que complís 15 anys. Per l'altra banda, Bernat lliura al seu sogre Besalú, Vallespir, Fenolleda, Ripoll i Perapertusa, amb tots els castells i dominis. En cas de morir Bernat sense fill legítim, Ramon Berenguer es farà càrrec dels dominis per espai de 15 anys.

Posteriorment Bernat presta jurament de fidelitat i d'homenatge a Ramon Berenguer. Maria va morir sense fills, i poc després, el 1.111, mor Bernat, la casa de Besalú i tots els seus dominis passen a la casa de Barcelona.

El comte Bernat Guillem de Cerdanya del qual Bernat li havia estat el tutor, va disputar la seva herència al comte de Barcelona i va entrar amb el seu exercit al comtat de Besalú. Ramon Berenguer li lliura Besalú, Castellnou, Vallespir i Fenolleda. Però va morir el 1117 i llavors sí que tot el comtat de Besalú passa a la casa de Barcelona i s'extingeix la nissaga comtal de Besalú.